由于實驗、生產的波動，反滲透設備不可避免地需要停運，短期或長期停用時必須采取保護措施，不適當地處理會導致膜性能下降且不可恢復。
短期保護適用于停運XX天以下的系統，可采用每X～X天低壓沖洗的方法來保護反滲透設備。實踐發現，水溫XX℃以上時，反滲透設備中的水存放X天就會發臭變質，有大量細菌繁殖。因此，建議水溫高于XX℃時，每X天或X天低壓沖洗一次，水溫低于XX℃時，可以每X天低壓沖洗一次，每次沖洗完后需關閉凈水設備反滲透裝置上所有進出口閥門。
長期停用保護適用于停運XX天以上的系統，這時必須用保護液(殺菌劑)充入凈水設備反滲透裝置進行保護。常用殺菌劑配方(復合膜)為XXXXX。
反滲透膜化學清洗
在正常運行條件下，反滲透膜也可能被無機污垢、膠體、微生物、金屬氧化物等污染，這些物質沉積在膜表面上會引起凈水設備反滲透裝置出力下降或脫鹽率下降、壓差升高，甚至對膜造成不可恢復的損傷，因此，為了恢復良好的透水和除鹽性能，需要對膜進行化學清洗。
一般X～XX個月清洗一次，如果每個月不得不清洗一次，這說明應該改善預處理系統，調整運行參數。如果X～X個月就需要清洗一次，則需要對設備進行整體調整。